農(nóng)村飲水安全工程應(yīng)由各級(jí)水務(wù)局（水利局）承擔(dān)主要管理責(zé)任。

水務(wù)局是政府的水行政主管部門(mén)，主要負(fù)責(zé)水利工程建設(shè)管理，防汛抗旱，水資源管理等，負(fù)責(zé)統(tǒng)一管理市、縣水資源（包括地表水、地下水、再生水、外調(diào)水）；會(huì)同有關(guān)部門(mén)擬訂水資源中長(zhǎng)期和年度供求計(jì)劃，并監(jiān)督實(shí)施；組織實(shí)施水資源論證制度和取水許可制度，發(fā)布水資源公報(bào)；指導(dǎo)飲用水水源保護(hù)和農(nóng)民安全飲水和水文管理工作。

一些省份的地方行政法規(guī)就明確規(guī)定了縣級(jí)人民政府是農(nóng)村飲水安全的責(zé)任主體，對(duì)農(nóng)村飲水安全保障工作負(fù)總責(zé)，負(fù)責(zé)農(nóng)村飲水安全工程的行業(yè)管理和業(yè)務(wù)指導(dǎo)。

縣級(jí)人民政府是農(nóng)村飲水安全的責(zé)任主體，對(duì)農(nóng)村飲水安全保障工作負(fù)總責(zé)。 縣級(jí)以上人民政府水行政主管部門(mén)是本行政區(qū)域內(nèi)農(nóng)村飲水安全工程的行業(yè)主管部門(mén)，負(fù)責(zé)農(nóng)村飲水安全工程的行業(yè)管理和業(yè)務(wù)指導(dǎo)。 鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府應(yīng)當(dāng)配合縣級(jí)人民政府水行政主管部門(mén)做好農(nóng)村飲水安全的相關(guān)工作，因此農(nóng)村飲水安全工程一般歸當(dāng)?shù)厮畡?wù)部門(mén)（水務(wù)局）主管。